Đảo Navassa rộng 2 dặm vuông (5,2 km²), ở một vị trí chiến lược 160 km (90 hải lý) về phía nam căn cứ hải quân Hoa Kỳ ở Vịnh Guantanamo, Cuba và khoảng một phần tư đường từ Haiti đến Jamaica trong Eo biển Jamaica. Có nơi đạt đến một cao độ 77 mét ở một đỉnh không tên 100 mét về phía nam Hải đăng Đảo Navassa. Đỉnh này cách bờ biển tây nam 400 mét hoặc 600 mét phía đông Vinh Lulu. Vĩ độ và kinh độ của đảo là 18°24′B 75°01′T / 18,4°B 75,017°T / 18.400; -75.017

Đất Đảo Navassa bao gồm phần nhiều là san hô và đá vôi với các vách đá thẳng đứng màu trắng cao khoảng từ 9 đến 15 mét bao quanh đảo nhưng cũng có "vùng đất cỏ" đủ để chăn nuôi dê. Cũng có những vạt rừng nhỏ có cây giống như sung và xương rồng rải rác trên đảo. Địa hình và hệ sinh thái của đảo cũng tương tự như Đảo Mona của Puerto Rico, một đảo đá vôi nhỏ nằm giữa Puerto Rico và Cộng hòa Dominican. Xét về khía cạnh lịch sử thì Đảo Mona có nhiều điểm giống nhau với Đảo Navassa vì cả hai đều là lãnh thổ của Hoa Kỳ, trước đây là trung tâm khai thác phân chim và hiện tại là các vùng bảo vệ thiên nhiên. Dân đánh cá ngắn hạn của Haiti và các vùng khác thường cắm trại trên đảo nhưng ngoài ra thì đảo không có cư dân. Đảo không có cảng hay bến tàu, chỉ có nơi neo thuyền ngoài khơi và nguồn lợi thiên nhiên duy nhứt là phân chim. Các hoạt động kinh tế bao gồm đánh cá nhỏ và đánh bắt cá thương mại bằng tàu lớn.